O PES 2012 conta com uma nova mecânica para o jogo de corpo, dando importância para a força e rendimento dos atletas. Tanto as trombadas como a reação dos envolvidos no choque ficaram mais reais e convincentes.As jogadas de defesa também melhoraram muito, com o time mantendo a formação e mudando entre marcação “um a um” ou por zonas, conforme o lance. Agora não basta só apertar um botão para marcar o atacante, é preciso posicionar bem o zagueiro e acertar o tempo de fazer a defesa.
O Pro Evolution Soccer 2012 também inclui um modo de treino, essencial para se acostumar com os novos controles. As telas de configuração e de escolha de táticas são mais diretas que as das versões anteriores, o que acelera o processo de acertar o time antes de uma partida.
Comande dois jogadores ao mesmo tempo no PES 2012. Com o botão analógico direito do joystick você controla um atleta, enquanto domina a bola usando o esquerdo. É um pouco complicado e difícil de se acostumar, mas é essencial para furar a defesa adversária.
Os desenvolvedores do PES 2012 deram muita importância à inteligência artificial do jogo para deixá-lo o mais parecido possível com a realidade. O resultado são mais subidas dos laterais, marcação por zona e corridas em diagonal dos atacantes para facilitar os passes em profundidade.